Lima puluh tahun yang lalu, makhluk misterius yang dikenal sebagai "Huge" tiba-tiba muncul di seluruh dunia, menimbulkan ancaman eksistensial bagi umat manusia. Untuk melawan ancaman ini, para prajurit yang berwujud gadis remaja yang dikenal sebagai "Lilies" menggunakan energi "Magie" di dalam tubuh mereka untuk menggerakkan senjata yang disebut "Counter Huge ARMS" atau "CHARMS."

Setelah diselamatkan oleh seorang Lily dua tahun lalu saat mengungsi dari serangan Huge, Riri Hitotsuyanagi bersumpah untuk menjadi seorang Lily juga. Ia mendaftar di akademi bergengsi Yurigaoka, tempat pelatihan bagi para Lily, dan menemukan bahwa salah satu teman sekelasnya adalah Yuyu Shirai—Lily yang sama yang pernah menyelamatkannya. Namun, yang membuatnya bingung, orang yang ia kira ceria itu ternyata cukup antisosial dan lebih suka bertarung sendirian. Meski begitu, Riri tetap ingin akrab dengan Yuyu dan bersedia melakukan apa pun yang ia bisa untuk mencapai tujuan itu.

Dengan Yuyu dan para Lily lainnya di sisinya, perjalanan Riri untuk menjadi salah satu dari mereka baru saja mekar!