Jirou Azuma, seorang siswa SMA berusia 17 tahun yang suka membuat onar dan mampu berkomunikasi dengan hewan, terus-menerus dimarahi oleh kakeknya karena berkelahi dengan manusia yang menyakiti teman-temannya yang bersayap dan berkaki empat. Namun, setelah Jirou menyelamatkan seekor kucing hitam bernama Ragou dari kematian yang tak terelakkan, kehidupan santainya pun segera berakhir.

Tanpa disadari Jirou, Ragou bukanlah kucing biasa, melainkan seorang mononoke, makhluk ajaib dengan kekuatan luar biasa. Saat berusaha melindungi Ragou dari mononoke lain, Jirou dengan mudah dikalahkan dan ditinggalkan dalam keadaan sekarat. Dalam sebuah kejadian yang dramatis, Ragou memutuskan untuk melunasi hutangnya kepada pemuda yang sekarat itu, menjadikan Jirou sebagai hibrida manusia-mononoke yang langka yang dengan mudah mengalahkan penyerangnya.

Sayangnya, Jirou kini diburu baik oleh kerabat Ragou yang ingin memanfaatkan kekuatan Ragou, maupun Biro Intelijen, sebuah organisasi rahasia pemerintah yang melindungi warga sipil dari mononoke yang bermusuhan. Dipaksa bergabung oleh Ryousuke Shiba dari Biro Intelijen, Jirou harus membuktikan kemampuannya dalam satuan tugas anti-mononoke yang baru, agar ia tidak dibunuh sebagai ancaman.