Youkoso Jitsuryoku Shijou Shugi no Kyoushitsu e Season 2. Kehidupan di kapal pesiar setelah Ujian Khusus Pulau sama sekali tidak berjalan mulus. Segera setelah mereka kembali, para siswa tahun pertama di Tokyo Metropolitan Advanced Nurturing High School menghadapi ujian khusus lainnya, dengan nilai kelas dan nilai individu yang dipertaruhkan.

Selain peraturan yang rumit, ada lebih banyak masalah yang muncul dalam bentuk Kakeru Ryuuen dan Kei Karuizawa. Marah dengan hasil ujian sebelumnya, Ryuuen bertekad untuk mengalahkan semua kelas dalam tantangan baru ini dengan menggunakan cara apa pun yang diperlukan. Sementara itu, Karuizawa, pilar penting dari Kelas D, hampir runtuh di bawah tekanan masa lalunya.

Panggung sekarang diatur untuk Kiyotaka Ayanokouji untuk sekali lagi-menggunakan seluruh perencanaan, pandangan ke depan, dan manipulasi kejamnya-mengarahkan Kelas D menuju kemenangan saat pasukan musuh yang sangat dekat mencoba menjatuhkannya.