Youkoso Jitsuryoku Shijou Shugi no Kyoushitsu e Season 4. Begitu Kiyotaka Ayanokouji dan seluruh siswa Kelas D secara resmi memasuki tahun kedua mereka di Sekolah Menengah Atas Tokyo Metropolitan Advanced Nurturing, mereka langsung dihadapkan pada ujian khusus berikutnya: setiap siswa kelas dua harus berpasangan dengan seorang siswa kelas satu untuk mengikuti ujian tertulis. Meskipun ujian tersebut tampak cukup sederhana, setiap pasangan harus mencapai jumlah poin tertentu untuk menghindari hukuman berat, sehingga meningkatkan permintaan akan individu yang cakap secara akademis.

Tanpa henti, Kelas D mencari calon mitra. Namun, Ayanokouji juga menghadapi ancaman serius karena lembaga rahasia kelas satu bernama White Room telah mendaftarkan seorang jenius lain di sekolah tersebut untuk membuatnya dikeluarkan. Saat Ayanokouji kembali menjalankan skema cerdiknya, ia harus tetap waspada terhadap musuh-musuh baru maupun lama.