Danganronpa 3: The End of Kibougamine Gakuen - Mirai-hen. Setelah Makoto Naegi dan rekan-rekan penyintasnya melarikan diri dari Akademi Hope's Peak ke dunia luar, mereka tak lama kemudian bergabung dengan Future Foundation, sebuah organisasi yang didedikasikan untuk memerangi keputusasaan. Tepat ketika segalanya tampak membaik, Naegi ditangkap dan diadili atas tuduhan pengkhianatan karena membela sekelompok Remnants of Despair yang jahat. Berdiri di hadapan seluruh eksekutif Future Foundation, ia mendapati dirinya, bersama dengan Kyouko Kirigiri dan Aoi Asahina, menghadapi nasib yang tak menentu.

Masalah ini semakin memanas ketika sistem keamanan organisasi yang konon tak tertembus itu diretas oleh sosok yang sudah tak asing lagi: Monokuma. Yang membuat Naegi ngeri, beruang mekanik itu langsung mengumumkan dimulainya permainan pembunuhan baru, dan beberapa saat kemudian, korban pertama muncul sebagai sinyal bahwa keputusasaan akan kembali melanjutkan penaklukannya yang brutal.

Naegi, Siswa Beruntung Tingkat SMA Super, harus sekali lagi mengungkap misteri ini saat rekan-rekan dan teman-temannya mulai tewas satu per satu di sekelilingnya. Namun, tidak ada lagi sidang kelas; di antara 16 peserta yang putus asa, hanya ada satu pembunuh—dan kematian mereka berarti akhir dari permainan neraka ini.