Danganronpa 3: The End of Kibougamine Gakuen - Zetsubou-hen. Kelas 77-B yang tidak biasa di Hope's Peak Academy akan segera kedatangan anggota baru yang lebih eksentrik lagi: Chisa Yukizome, seorang alumni dengan gelar "Pengurus Rumah Tangga Tingkat SMA Super"—dan guru wali kelas baru mereka. Ceria, bersemangat, dan cakap, Chisa segera mulai memperbaiki perilaku bermasalah para siswa dan mempererat hubungan di antara mereka. Mungkin tidak mudah berurusan dengan siswa yang beragam, mulai dari putri kerajaan dan perawat hingga yakuza dan siswa yang sangat beruntung, tetapi segala sesuatu mungkin terjadi dengan kekuatan harapan.

Sementara itu, Hajime Hinata, seorang siswa biasa dari Jalur Cadangan sekolah tersebut, mendambakan sebuah bakat. Suatu hari, ia bertemu secara tak terduga dengan Chiaki Nanami, seorang "Super High School-Level Gamer" dari kelas 77-B, yang memberinya pandangan baru tentang hidup yang penuh harapan. Namun, tanpa ia sadari, jajaran pimpinan sekolah sedang bersiap melaksanakan proyek jahat yang berpusat pada Hajime, yang akan membuat Hope’s Peak—dan seluruh dunia—bertekuk lutut.

Zetsubou-hen mengisahkan kehidupan sehari-hari di akademi pembina bakat tersebut, serta kegelapan yang bersembunyi di baliknya. Saat keputusasaan perlahan meracuni harapan, rencana-rencana mulai dijalankan untuk memicu Peristiwa Terbesar, Terburuk, dan Paling Tragis dalam Sejarah Manusia, dan akhir pun dimulai.