Setelah lima tahun menyimpan perasaan yang tak terucap, siswa SMA Taiju Ooki akhirnya siap untuk menyatakan cintanya kepada Yuzuriha Ogawa. Namun, tepat saat Taiju mulai mengungkapkan perasaannya, cahaya hijau yang menyilaukan menghantam Bumi dan mengubah seluruh umat manusia di seluruh dunia menjadi batu—menjadikan setiap manusia sebagai patung.

Beberapa milenium kemudian, Taiju terbangun dan mendapati dunia modern telah lenyap sama sekali, sementara alam telah berkembang subur selama bertahun-tahun ketika umat manusia terhenti. Di tengah dunia batu yang dipenuhi patung-patung, Taiju bertemu dengan satu-satunya manusia lain yang masih hidup: temannya yang mencintai sains, Senkuu, yang telah aktif selama beberapa bulan. Taiju mengetahui bahwa Senkuu telah merancang sebuah rencana besar—untuk memulai kebangkitan kembali peradaban secara menyeluruh melalui ilmu pengetahuan. Kekuatan fisik Taiju dan kecerdasan Senkuu bersatu membentuk kemitraan yang tangguh, dan mereka segera menemukan cara untuk menghidupkan kembali mereka yang telah membatu.

Namun, rencana besar Senkuu terancam ketika ideologinya ditantang oleh mereka yang terbangun. Sementara itu, alasan mengapa umat manusia membatu tetap menjadi misteri.