Dengan janji untuk mengabulkan keinginan apa pun, Cawan Suci yang maha kuasa telah memicu tiga perang di masa lalu, yang masing-masing begitu kejam dan sengit hingga tak ada pemenang yang tersisa. Meskipun demikian, keluarga Einzbern yang kaya raya yakin bahwa Perang Cawan Suci Keempat akan berbeda; terutama karena wadah Cawan Suci kini berada dalam genggaman mereka. Hanya karena alasan ini, "Pembunuh Penyihir" yang sangat dibenci, Kiritsugu Emiya, disewa oleh keluarga Einzbern, dengan pernikahan dengan putri tunggal mereka, Irisviel, sebagai kontrak yang mengikat.

Kiritsugu kini berada di tengah-tengah permainan bertahan hidup yang kejam, berhadapan dengan enam peserta lainnya, masing-masing dibekali makhluk peliharaan kuno, dan didorong oleh keinginan serta cita-cita yang unik. Didampingi oleh familiarnya sendiri, Saber, tentara bayaran yang terkenal itu segera menemukan lawan terbesarnya dalam diri Kirei Kotomine, seorang pendeta yang mencari penebusan dari kekosongan di dalam dirinya sambil mengejar Kiritsugu.

Berdasarkan novel ringan karya Gen Urobuchi, Fate/Zero menggambarkan peristiwa Perang Cawan Suci Keempat—10 tahun sebelum Fate/stay night. Saksikan pertarungan royale di mana tak ada yang dijamin akan selamat.