Saat Perang Cawan Suci Keempat terus berkecamuk tanpa ada pemenang yang jelas, para Servant yang tersisa beserta Master mereka dipanggil oleh pengawas Gereja, Risei Kotomine, agar bersatu dan menghadapi ancaman yang akan segera datang—ancaman yang berpotensi menggagalkan Perang Cawan Suci dan menyebabkan kehancuran Kota Fuyuki. Gencatan senjata yang rapuh itu segera runtuh saat para Master menunjukkan bahwa mereka akan melakukan apa pun yang ada dalam kekuasaan mereka, sekeji apa pun caranya, demi meraih kemenangan.

Benih keraguan mulai tumbuh di antara Kiritsugu Emiya dan Saber, Servant-nya, seiring bertabrakan ideologi mereka yang bertentangan mengenai kepahlawanan dan kesatriaan. Sementara itu, ikatan yang mengkhawatirkan terbentuk antara Kirei Kotomine—yang masih mencari tujuan hidupnya—dan salah satu Servant yang tersisa. Saat hitungan mundur menuju akhir perang mencapai nol, harga yang harus dibayar untuk kemenangan mulai mengaburkan batas antara kemenangan dan kekalahan.