Kei Narutani dan sahabat masa kecilnya, Song Minghua, adalah pengungsi Tiongkok yang melarikan diri dari Zai, sebuah organisasi misterius yang tanpa pandang bulu meneror negara mereka dan rakyatnya. Untungnya, saat melarikan diri ke Jepang, mereka diselamatkan oleh sebuah pesawat merah yang aneh.

Ketertarikan Kei terhadap pesawat ini membawanya bertemu dengan penyelamatnya: seorang gadis yang merupakan "Anima"—pilot dari jenis pesawat unik yang disebut "Daughter." Gadis itu dikenal sebagai Gripen, sebuah pesawat tempur JAS-39F yang menggemaskan. Kei menjalin ikatan dengan Gripen dan kemudian direkrut oleh Pasukan Bela Diri Jepang untuk membantu Gripen mengatasi masalahnya dalam terbang.

Kemudian bergabunglah Eagle, sebuah F-15J-ANM yang riang, dan Phantom, sebuah RF-4EJ-ANM yang gagah, skuadron tersebut bersiap bertempur, bertekad untuk melindungi umat manusia. Bersama-sama, kelima individu ini bertempur melawan Zai yang menyerang, membentuk garis pertahanan terakhir melawan kekuatan alien yang mengancam.