Haifuri. Seratus tahun setelah pergeseran lempeng tektonik yang dahsyat menyebabkan sebagian besar wilayahnya tenggelam, Jepang kini berkembang pesat sebagai negara maritim. Kota-kota yang berfungsi dengan baik berjejer di sepanjang pantai Jepang, dan rute laut yang berkembang pesat dilindungi oleh kapal-kapal angkatan laut khusus. Industri maritim sedang berkembang pesat, dan para gadis muda sangat antusias untuk bergabung dengan Blue Mermaids—para wanita terampil yang mengabdikan hidup mereka untuk melindungi lautan.

Setelah beberapa waktu terpisah, teman masa kecil Akeno Misaki dan Moeka China kembali bersatu di Sekolah Menengah Maritim Putri Yokosuka. Di sini, mereka bergabung dengan orang-orang lain yang memiliki impian yang sama untuk menjadi Blue Mermaids. Tak lama kemudian, latihan-latihan dimulai, dengan Akeno dan Moeka ditugaskan memimpin kapal dan awak mereka sendiri. Segalanya berjalan lancar bagi Akeno saat ia mulai terbiasa dengan perannya sebagai kapten dan membangun kekompakan di antara sesama awak kapal di atas Harekaze, sebuah kapal perusak. Namun, kegagalan mesin dan navigasi yang tak terduga segera membuat kapal mereka terdampar dan awak kapal berada dalam bahaya.

'High School Fleet' mengikuti petualangan awak kapal Harekaze yang gagah berani saat mereka menavigasi perairan berbahaya dan rintangan lainnya dalam upaya mereka untuk menjadi Blue Mermaids yang sesungguhnya.