Sistem Mizuhanome adalah sebuah penemuan yang sangat canggih yang memungkinkan orang memasuki salah satu tempat paling menarik yang pernah ada—pikiran manusia. Melalui penggunaan apa yang disebut "partikel kognisi" yang ditinggalkan oleh pelaku di TKP, para detektif dari satuan khusus kepolisian Kura dapat memanifestasikan alam bawah sadar seorang penjahat sebagai aliran pikiran yang aneh di dunia virtual. Tugas mereka adalah menjelajahi ranah psikologis ini, yang disebut "sumur id," untuk mengungkap identitas pelaku.

Tidak sembarang orang bisa memasuki sumur id; syarat utamanya adalah Anda harus pernah membunuh seseorang sendiri. Hal ini berlaku bagi mantan detektif Akihito Narihisago, yang dikenal sebagai "Sakaido" di dalam sumur id. Dulu ia adalah anggota kepolisian yang dihormati, namun tragedi menimpanya, dan tak lama kemudian ia mendapati dirinya berada di sisi lain hukum.

Meskipun demikian, Narihisago terus membantu Kura selama masa penahanannya. Meskipun kemampuan detektifnya yang luar biasa masih berguna dalam penyelidikan, Narihisago menyadari bahwa tidak semuanya seperti yang terlihat, karena di balik serangkaian kasus pembunuhan yang tampaknya berdiri sendiri, tersembunyi kebenaran yang jauh lebih mengerikan.