Tujuh Misteri Terkenal yang sepertinya ada di setiap sekolah merupakan bagian tak terpisahkan dari legenda urban Jepang. Salah satu kisah yang paling terkenal di antaranya adalah kisah Hanako-san: hantu seorang gadis kecil yang menghantui kamar mandi sekolah.

Akademi Kamome memiliki versi legenda Hanako-san-nya sendiri. Rumor mengatakan bahwa jika seseorang berhasil memanggil Hanako-san, dia akan mengabulkan keinginan apa pun dari orang yang memanggilnya. Tergiur oleh gosip tersebut, banyak orang telah mencoba memanggilnya, namun setiap upaya selalu gagal. Namun, ketika Nene Yashiro, seorang gadis yang mengharapkan keberuntungan dalam cinta, berani memanggil Hanako-san, ia menemukan bahwa "gadis" yang dikabarkan itu sebenarnya adalah seorang laki-laki!

Setelah serangkaian kejadian sial yang berkaitan dengan hasrat romantis Yashiro, dia tanpa sengaja terjerat dalam dunia gaib dan menjadi asisten Hanako-kun. Tak lama kemudian, dia mengetahui tugas Hanako-kun yang kurang diketahui: menjaga keseimbangan rapuh antara manusia dan makhluk gaib.