Karena sering mengalami kesialan dengan hal-hal gaib dan kehidupan sekolahnya yang sibuk, Nene Yashiro hampir tidak bisa beristirahat sampai acara menginap tahunan Akademi Kamome tiba. Nene sangat bersemangat untuk bersenang-senang dengan sahabatnya, Aoi Akane, dan teman-teman sekelasnya di acara kumpul-kumpul tersebut. Tanpa sepengetahuannya, acara menginap tersebut jatuh pada tanggal yang sama dengan Urabon, saat batas antara yang mati dan yang hidup terdistorsi, sehingga memungkinkan roh-roh jahat muncul ke permukaan.

Ketika hantu jahat hendak menyerangnya, Nene diselamatkan oleh sosok misterius: Shinigami, Keajaiban Keenam yang dapat menjebak jiwa dengan menggunakan serulingnya. Pada saat itu, Shinigami memperhatikan Aoi dan menculiknya untuk digunakan sebagai tumbal yang akan menutup penghalang untuk selamanya. Bersama Hanako-kun dan Akane Aoi, Nene harus memulai perjalanan ke dunia kematian yang paling dalam untuk menyelamatkan sahabatnya sebelum terlambat.