Untuk melepaskan diri dari kesehariannya yang monoton, Jouji Ema suka menghitung semua benda lucu yang dilihatnya. Namun demikian, hal ini menjadi tugas yang sulit di sekolahnya yang khusus untuk anak laki-laki, dengan satu pengecualian: teman sekelasnya, Miyoshi Hayashi. Setelah kecelakaan yang tidak disengaja dengan Hayashi di festival olahraga, anak laki-laki itu mulai mengikuti Ema untuk menanyakan apakah dia menganggapnya imut. Ema bingung dengan sikap Hayashi yang jujur namun naif, tetapi dia tidak bisa tidak tertarik dengan kepribadiannya yang eksentrik.

Sementara itu, tahun ajaran Yuuichi Medaka mengambil langkah yang salah ketika dia duduk di depan Akira Nikaidou, seorang anak laki-laki suram yang dikabarkan memberikan kutukan kepada siapa pun yang melintasi jalannya. Bertekad untuk mendapatkan kebaikan dari Nikaidou, Medaka mencoba berteman dengannya, namun tidak berhasil. Tepat ketika dia akan mengaku kalah, dia menemukan bahwa Nikaidou mungkin bukan pertanda buruk seperti yang diyakini semua orang.