Lima puluh tahun yang lalu, makhluk-makhluk mengerikan yang dijuluki sebagai “musuh umat manusia” tiba-tiba muncul di seluruh dunia. Untuk melawan ancaman ini, para remaja yang dikaruniai kemampuan supranatural yang disebut “Talent”—seperti pirokinesis dan perjalanan waktu—mengasah kekuatan mereka di sebuah akademi di pulau terpencil.

Namun, Nanao Nakajima sangat berbeda dari yang lain di pulau itu: ia tidak memiliki Talent. Dengan banyaknya remaja "berbakat" di sekelilingnya, Nanao sering menjadi sasaran perundungan, tetapi meskipun demikian, ia tetap berjuang untuk menyelesaikan pelatihannya. Tak lama kemudian, dua siswa pindahan, Kyouya Onodera yang misterius dan Nana Hiiragi yang bisa membaca pikiran, bergabung dengan kelas tersebut. Namun, tepat ketika semua orang mulai bersatu sebagai rekan seperjuangan, kasus-kasus penghilangan diri yang misterius mulai mengancam fondasi kelas tersebut secara keseluruhan.