Pada suatu hari yang tenang dan damai, langit terbelah dan makhluk-makhluk dari dimensi lain, yang disebut sebagai “Yang Tak Dikenal”, melancarkan serangan kilat dan kejam terhadap umat manusia. Untuk melindungi masa depan negara, seluruh anak-anak Jepang dibekukan secara kriogenik hingga perang berakhir agar mereka terhindar dari bahaya.

Beberapa tahun berlalu, dan umat manusia telah membangun pijakan di sebuah sudut Jepang, yang kini berfungsi sebagai garis depan perang. Karena tidak lagi menghadapi ancaman kepunahan umat manusia, anak-anak itu pun dibangunkan dari tidur beku mereka. Ternyata, selama dalam keadaan beku, anak-anak tersebut telah mengembangkan "Worlds", yaitu kekuatan supernatural yang unik bagi masing-masing individu. Enam anak dengan kekuatan terkuat diberi komando atas kota-kota yang telah direbut kembali, menggunakan kekuatan mereka untuk mempertahankan benteng-benteng tersebut dari invasi yang terus berlanjut. Teman masa kecil Ichiya Suzaku dan Canaria Utara memimpin Tokyo, saudara kandung Kasumi dan Asuha Chigusa mengelola Chiba, serta Maihime Tenkawa dan Hotaru Rindou mengawasi Kanagawa.

Seiring berjalannya waktu, serangan yang hampir menjadi rutinitas dari “Yang Tak Dikenal” serta benturan kepribadian para pemimpin kota dan wakilnya memicu persaingan kecil-kecilan, yang berujung pada pertengkaran terus-menerus di antara ketiga kota tersebut. Dengan “Yang Tak Dikenal” yang tiba-tiba meningkatkan intensitas serangannya, para pemimpin ketiga kota tersebut harus belajar bekerja sama atau berisiko kehilangan garis pertahanan terakhir melawan kepunahan umat manusia.