Masih terancam oleh para "Titan" yang merampas kebebasan mereka, umat manusia tetap terkurung di dalam dua tembok yang tersisa. Upaya untuk memusnahkan monster-monster ini terus berlanjut; namun, ancaman tidak hanya datang dari para Titan di luar tembok, melainkan juga dari manusia di dalam tembok itu sendiri.

Setelah diselamatkan dari Titan Raksasa dan Titan Berlapis Baja, Eren Yaeger mengabdikan dirinya untuk meningkatkan bentuk Titan-nya. Krista Lenz berjuang menerima kehilangan temannya, Kapten Levi memilih Eren dan teman-temannya untuk membentuk pasukan pribadinya yang baru, dan Komandan Erwin Smith pulih dari lukanya. Segalanya tampak baik-baik saja bagi para prajurit, hingga pemerintah tiba-tiba menuntut penahanan Eren dan Krista. Kesuksesan terbaru Korps Penjelajah telah menarik perhatian, dan seorang sosok yang dikenal dari masa lalu Levi dikirim untuk menangkap para prajurit yang dicari tersebut. Diburu oleh pemerintah, Levi dan pasukan barunya harus menghindari musuh-musuh mereka demi menjaga keselamatan Eren dan Krista.

Eren dan rekan-rekan prajuritnya tidak hanya berjuang untuk bertahan hidup melawan Titan yang menakutkan, tetapi juga melawan teror dari musuh yang jauh lebih licik: sesama manusia.