Ittoki Sakuraba tidak mengerti mengapa ibunya, pamannya, dan teman masa kecilnya, Kousetsu, tampaknya menganggap keamanannya begitu serius. Kousetsu terus-menerus mengikuti dan mengamatinya tanpa mempedulikan privasinya, hanya berfokus untuk menjaganya agar tetap aman setiap saat. Namun, penguntitan yang konsisten ini mulai masuk akal ketika seorang siswa kelas dua yang menggemaskan di sekolahnya, Satomi Tsubaki, mengajak Ittoki berkencan. Meskipun awalnya tidak bersalah, niat asli Tsubaki segera menjadi jelas ketika Ittoki mengunjungi rumahnya; dia berencana untuk membunuhnya, dan dia tidak sendirian. Anehnya, yang datang membantunya adalah pamannya dan Kousetsu-mengenakan pakaian ninja yang gelap dan mematikan.

Setelah Ittoki diantar ke tempat yang aman, ibunya mengungkapkan kebenarannya: dia adalah pewaris ke-19 dari klan ninja bangsawan yang dikenal sebagai Iga, dan menjadi target pembunuhan oleh klan saingan mereka, Koga. Untuk melindungi dirinya dari ancaman baru ini, Ittoki harus mengasah kemampuannya di satu-satunya akademi ninja yang tersisa di Jepang: Akademi Ninja Kokuten.