Suatu hari sepulang sekolah, siswa kelas satu SMA, Yomogi Asanaka, menemukan seorang pria yang kelaparan di bawah jembatan. Memperkenalkan dirinya sebagai Gauma, pengembara aneh itu memberi tahu Yomogi bahwa dia adalah "pengguna kaiju", seseorang yang berurusan dengan "kaiju" - monster yang membahayakan kota dan warganya.

Malam berikutnya, Yomogi bertemu dengan Gauma dan teman sekelasnya, Yume Minami. Pada saat yang sama, kaiju muncul di daerah padat penduduk di kota. Karena kurangnya pengalaman Gauma dalam mengendalikan kaiju, dia mengeluarkan benda misterius dari kantong bercahaya, memanggil robot raksasa yang dikenal sebagai Dynazenon. Membutuhkan kerja sama empat orang, mecha ini menyeret Gauma, Yomogi, Minami, dan Koyomi Yamanaka-seorang pengangguran yang sedang berkeliaran di jalan-ke dalam kokpitnya.

Pertemuan mereka dengan kaiju menandai awal dari keterlibatan mereka dengan eugenikus kaiju-pengguna kaiju yang memanipulasi kaiju dengan niat buruk-dan upaya mereka untuk mengeluarkan potensi penuh Dynazenon.