Dulu dianggap telah punah, ninja kembali muncul di Jepang modern setelah Perang Pasifik. Dengan jumlah yang dikabarkan mencapai dua ratus ribu, para pembunuh mematikan ini kini ditugaskan untuk melakukan operasi rahasia, merasuki sebagian besar lembaga publik dan swasta di negara tersebut. Di antara ninja-ninja tersebut ada Kurou Kumogakure, yang sering menghabiskan hari-harinya di apartemen tua yang rusak tanpa motivasi untuk melakukan apa pun. Beberapa orang mungkin menganggapnya sebagai pengangguran tak berguna yang hanya mencuri bir dari tetangganya. Namun, pemuda berusia 17 tahun ini mungkin sebenarnya lebih berbahaya daripada yang terlihat. Potensi tersembunyi Kurou diuji ketika ia diberi misi baru untuk menyusup ke sebuah sekolah menengah setempat, tetapi ada lebih banyak hal dalam tugas ini daripada yang pernah ia bayangkan.