Meskipun tumbuh sebagai anak yatim piatu, Nio Chirinu menemukan tempat yang cocok untuknya: menjadi pelayan di restoran nenek angkatnya. Namun, kedamaian ini tidak berlangsung lama; Nio dan saudara perempuannya, Iroha, digunakan sebagai umpan untuk menangkap para penculik anak oleh Toshizou Hijikata dan Souji Okita-dua anggota kelompok ronin terkenal bernama Miburo. Setelah cobaan berat tersebut, Toshizou mengusulkan agar Nio bergabung dengan barisan Miburo dan melindungi masyarakat Kyoto.

Merasa frustrasi dengan kelemahannya sendiri, Nio berlatih untuk menyamai keahlian pedang rekan-rekan barunya. Meskipun begitu, ia berjuang untuk diterima oleh Tarou Tanaka dan Hajime Saitou, anggota Miburo lain yang seumuran dengannya. Bertekad untuk berteman dengan mereka, Nio harus menemukan rasa keadilannya sendiri dan menjadi cukup kuat untuk mengalahkan semua musuhnya.