Shidou Itsuka menghadapi bahaya yang lebih besar dari sebelumnya karena keterlibatannya yang terus-menerus dengan Ratatoskr. Dia telah menyegel 10 Roh, dan Isaac Westcott, pemimpin Deus Ex Machina Industries, akhirnya memutuskan untuk membunuh Shidou dan menjarah kekuatan Roh untuk dirinya sendiri.

Untuk mencapai tujuannya, Isaac menyatakan perang habis-habisan melawan Ratatoskr, memaksa organisasi tersebut menghabiskan sumber dayanya untuk menjamin kelangsungan hidup Shidou. Meski kalah jumlah dan tak tertandingi, secercah harapan ada dalam wujud Roh Waktu, Kurumi Tokisaki. Shidou harus menyegel dan memperoleh kekuatan Kurumi untuk melakukan perjalanan ke masa lalu dan menghadapi Roh Asal—katalis yang memulai semuanya.

[Ditulis oleh MAL Penulisan Ulang]