Ada rumor di Akademi Kamome bahwa di suatu tempat di dalam lingkungan sekolah terdapat sebuah jam yang mengatur perjalanan waktu di akademi. Jam tersebut diawasi oleh tiga penjaga jam-masing-masing mewakili masa lalu, masa kini, dan masa depan. Meskipun demikian, sebuah kejadian tak terduga menyebabkan kekacauan, dengan siswa yang menua dengan cepat dan infrastruktur akademi menjadi berantakan.

Nene Yashiro dan Kou Minamoto mencari bantuan dari Hanako-kun, memulai petualangan baru untuk menemukan mereka yang bertanggung jawab atas kekacauan ini. Namun, apa yang mereka temukan lebih dari sekadar identitas pelakunya. Ketika kebenaran tersembunyi terungkap dan sumpah baru ditetapkan, para siswa akademi dan penampakan menemukan diri mereka dalam permainan takdir, di mana mereka yang masih hidup berjuang untuk membebaskan diri dari cengkeramannya.