Yozakura-san Chi no Daisakusen Season 2. Taiyou Asano kini telah meniti kariernya dengan mantap, setelah menikah dan menjadi bagian dari keluarga mata-mata Yozakura. Meskipun ia masih kesulitan mengendalikan kekuatan yang diberikan kepadanya oleh istrinya, Mutsumi Yozakura, Taiyou tetap bekerja keras untuk menyelesaikan misi bersama saudara-saudara barunya. Setelah menghancurkan organisasi Tanpopo, Taiyou dan keluarga Yozakura setuju untuk merawat Ai yang berusia enam tahun, salah satu subjek uji coba Tanpopo.

Namun, kesehatan Taiyou segera mulai menurun akibat darah Yozakura yang mengalir di tubuhnya. Ia bermimpi bahwa kepala keluarga pertama, Tsubomi Yozakura, memberinya misi baru: untuk membunuhnya. Untuk itu, ia harus mempelajari lebih dalam tentang keluarga barunya, menjadi mata-mata peringkat perak, dan memaksimalkan kemampuannya agar berhasil serta terus melindungi keluarganya.